Lo que ha ocurrido seguramente, es que si bien el comando stop devolvió "stopped", el nodo puede tardar en bajar varios segundos. Si se apagó el equipo mientras estaba arriba, puede ocurrir que la base de la blockchain se corrompa.
Para evitar que esto suceda, se debe verificar que el proceso multichaind ya no esté corriendo antes de apagar el equipo.
La solución al problema es correcta, lanzar el nodo con -reindex=1 , en este caso, en este caso la única opción es recuperar la blockchain de esa manera, y se debe esperar a que sincronice. No habrá perdida de bloques ni jaspercoins, por supuesto.